東京パラリンピック最終日の９月５日、車いすバスケットボール男子決勝で、初の決勝新進出を果たした日本は、前回リオ大会の王者、米国に60－64の逆転負けを喫し、銀メダルだった。追いつ追われつの接戦を演じ、最終Ｑでも一時は５点さに広げたリードを守り切れず、逆転を許した。日本男子の過去最高成績は1988年ソウル大会と2008年の北京大会の７位だった。頂点の金メダルには届かなかったが、大きな成果を残した。

東京パラリンピックの最終日の９月５日、陸上女子マラソン（視覚障害Ｔ１２）で道下美里（44）が３時間０分50秒で初の金メダルを獲得した。2016年リオデジャネイロ大会の銀メダルに続く、２大会連続のメダル獲得となった。道下は銀メダルに終わった前回大会の後、金に届かなかったことが悔しいと涙を流し、今回は５年前の忘れ物を取りに行くと公言。見事にレースに圧勝し目標を達成した。

東京パラリンピック第12日の９月４日、バドミントン女子シングルス（車いすＷＨ１）決勝で、里見紗李奈（23）がタイのスジラット・ボーカンを２－１で降して金メダルを獲得した。バドミントンは今大会から採用された種目。
里見は2017年に協議を始め、2019年世界選手権で初優勝。世界ランキンぎ１位で今大会に臨んでいた。

東京パラリンピック第12日の９月４日、車いすテニス男子シングルス決勝で、国枝慎吾がトム・エフベリング（オランダ）を６－１、６－２で下し、２大会ぶり３度目となる同種目の金メダルを獲得した。
国枝は2008年北京、2012年ロンドンで男子シングルスの金メダルに輝いた。だが、前回の2016年リオデジャネイロ大会ではひじのけがが影響し、ベスト８で敗退した。

大阪府立大学と大阪市立大学が統合して、2022年４月に設置される「大阪公立大学」が８月27日、文部科学相より正式に設置の認可を受けた。これを受け、大学を運営する法人の西澤良記理事長らが９月３日、大阪市役所を訪れ、大阪府の吉村知事と大阪市の松井市長に、大学の認可を報告した。
大阪公立大学は12の学域や学部と、大学院の15の研究科を持ち、学生数およそ１万6,000人と、公立の総合大学では全国で最大規模となる。報告の後、西澤理事長は「これからの重責を痛感している。公立大学の使命である都市のシンクタンク機能を充実させたい」と抱負を述べた。

岐阜大大学院の創薬研究グループは、日本原産植物のフキノトウに多く含まれる成分ペタシンが、がん細胞の増殖と転移を抑制することを発見したと発表した。既存の化合物、フェンホルミンと比べ1,700倍以上の、増殖、転移阻害効果があり、正常な組織への副作用を抑えつつ、抗がん効果を発揮するつことも確認した。この発見により、副作用の少ない新たな抗がん剤の開発が期待される。

厚生労働省は９月４日、新形コロナウイルスに感染して治療中の重症者が３日時点で2,223人になったと公表した。前日から２人増え、３日続けて過去最多を更新した。これまで最多だった５月下旬の約1.6倍に上っている。大阪府で588人、首都圏１都３県で111人。愛知県で82人などとなっている。

厚生労働省の９月２日時点のまとめによると、新型コロナウイルスの感染者が出たために全面休園している認可保育所や認定こども園などが、少なくとも15都道府県の185カ所に上り、過去最多となったことが分かった。デルタ株の広がりによるもの。15都道府県は北海道、青森、山形、埼玉、千葉、東京、神奈川、石川、静岡、愛知、京都、島根、岡山、香川、福岡。
感染者が発生した保育所などは全国で5,141カ所、保育士ら職員の感染者は5,229人で、いずれも初めて5,000を超えた。利用乳幼児の感染者は5,829人となっている。

東京パラリンピック第12日の９月４日、車いすテニスの女子ダブルス３位決定戦で、上地結衣・大谷桃子組が中国ペアの王紫螢・朱珍珍組を破り、銅メダルを獲得した。上地は女子シングルスの銀メダルに続いて、今大会２個目のメダル獲得。大谷は初のメダルに輝いた。

東京パラリンピック第11日の９月３日、競泳男子100ｍバタフライ（視覚障害Ｓ11）で木村敬一（30）が１分２秒57で制し、出場４大会目で自身初の金メダルを獲得した。また、冨田宇宙（32）は１分３秒59の銀メダルに輝き、日本勢のワン・ツーの快挙となった。