岐阜大大学院の創薬研究グループは、日本原産植物のフキノトウに多く含まれる成分ペタシンが、がん細胞の増殖と転移を抑制することを発見したと発表した。既存の化合物、フェンホルミンと比べ1,700倍以上の、増殖、転移阻害効果があり、正常な組織への副作用を抑えつつ、抗がん効果を発揮するつことも確認した。この発見により、副作用の少ない新たな抗がん剤の開発が期待される。

厚生労働省は９月４日、新形コロナウイルスに感染して治療中の重症者が３日時点で2,223人になったと公表した。前日から２人増え、３日続けて過去最多を更新した。これまで最多だった５月下旬の約1.6倍に上っている。大阪府で588人、首都圏１都３県で111人。愛知県で82人などとなっている。

厚生労働省の９月２日時点のまとめによると、新型コロナウイルスの感染者が出たために全面休園している認可保育所や認定こども園などが、少なくとも15都道府県の185カ所に上り、過去最多となったことが分かった。デルタ株の広がりによるもの。15都道府県は北海道、青森、山形、埼玉、千葉、東京、神奈川、石川、静岡、愛知、京都、島根、岡山、香川、福岡。
感染者が発生した保育所などは全国で5,141カ所、保育士ら職員の感染者は5,229人で、いずれも初めて5,000を超えた。利用乳幼児の感染者は5,829人となっている。

東京パラリンピック第12日の９月４日、車いすテニスの女子ダブルス３位決定戦で、上地結衣・大谷桃子組が中国ペアの王紫螢・朱珍珍組を破り、銅メダルを獲得した。上地は女子シングルスの銀メダルに続いて、今大会２個目のメダル獲得。大谷は初のメダルに輝いた。

東京パラリンピック第11日の９月３日、競泳男子100ｍバタフライ（視覚障害Ｓ11）で木村敬一（30）が１分２秒57で制し、出場４大会目で自身初の金メダルを獲得した。また、冨田宇宙（32）は１分３秒59の銀メダルに輝き、日本勢のワン・ツーの快挙となった。

東京パラリンピック第11日の９月３日、車いすテニス女子で第２シードの上地結衣（27）は、第１シードのデフロート（オランダ）に３－６、６－７のストレートで敗れ、悲願の金メダル獲得はならなかった。世界ランク１位の女王に屈した。上地は日本のエースだが、通算対戦成績は上地の15勝22敗と苦戦している。
ただ、この試合では意地を見せた。後がなくなった第２セットの４－５から驚異的な粘りで、タイブレークに持ち込むなど、最後まであきらめないプレーを見せた。車いすテニス女子種目で銀メダルは日本人初。

菅首相の任期満了の９月末での退陣意向表明を受け、自民党総裁選の動きが急に慌しくなってきた。石破茂元幹事長は９月３日、これまで出馬に慎重な考えを示してきたが一転、出馬を検討する考えを示した。河野太郎規制改革担当相も出馬を検討する見通しだ。河野氏もこれまで自身の出馬について、「まずワクチン接種、いまの仕事をしっかりやりたい」として慎重だった。このほか、高市早苗前総務相も出馬に意欲をみせている。総裁選にはすでに岸田文雄前政調会長が出馬表明している。

東京パラリンピック第11日の９月３日、自転車の女子個人ロードレース（運動機能障害Ｃ１～３）で50歳の杉浦佳子が個人ロードタイムトライアルに続いて金メダルを獲得した。45歳の時、自転車レースで転倒し、右半身のマヒや記憶障害を負った。リハビリを兼ねて続けた自転車競技で頭角を現し、2018年世界選手権のタイムトライアルで優勝している。

東京パラリンピック第10の９月２日、競泳男子50ｍ自由形（運動機能障害Ｓ４）の鈴木孝幸が銀メダルを獲得した。今大会出場全５種目でメダルを取り、通算10個目。
女子50ｍ背泳ぎ（運動機能障害Ｓ２）の山田美幸も２位を確保。日本の史上最年少メダリストとなった100ｍに続いて２つ目の銀メダルを獲得した。