国立感染症研究所は６月16日、新型コロナウイルスの感染力が強いとされるインドで確認された「L452R」変異株の影響が小さかったとしても、東京オリンピック・パラリンピック期間中の７月後半から８月前半に緊急事態宣言の再発令が必要となる可能性があるとの試算を公表した。L452R変異株の影響が大きい場合、最速で７月前半の再発令の見通しも示した。
新型コロナの感染対策を厚生労働省に助言する専門家組織「アドバイザリーボード」（座長：脇田隆字・国立感染症研究所長）の会合で報告された。６月20日で東京都の緊急事態宣言が解除されることを前提に、五輪開催に伴う人手の増加やワクチン接種の進み具合、L452R変異株の感染力などを基に複数のパターンを試算した。

日本政府は６月17日、新型コロナウイルス対策の基本的対処方針分科会で、10都道府県で発令中の緊急事態宣言について、沖縄を除く９都道府県は20日までで解除する方針を諮問し、了承された。うち北海道、東京、大阪、京都、兵庫、愛知、福岡の７都道府県は21日から「まん延防止等重点措置」へ移行し、沖縄の宣言延長とともに３週間後の７月11日を期限とする。広島、岡山両県はまん延防止措置には移行せず、６月20日で全面解除する。
現在、まん延防止措置を適用している千葉、神奈川、埼玉３県については７月11日まで延長。岐阜、三重両県は６月20日の期限で解除する。
この結果、６月21日～７月11日の間、緊急事態宣言発令は沖縄１県、まん延防止措置の適用は10都道府県となる。

富山大などは６月16日、新型コロナウイルス感染症から回復した患者の血液をもとに、多種類の変異株が体内で増殖するのを妨げる「スーパー中和抗体」を作製したと発表した。重症化を防ぐ治療薬として使えば、救命率の向上が期待できるという。
同大学によると、スーパー中和抗体はインド株を含む現在知られているほとんどの変異株で、効果が確認されたという。

日本政府は６月15日、海外での温室効果ガス削減支援により、2030年度までに累積１億トンの排出抑制を目指すと発表した。インド太平洋地域を中心に官民で取り組みを強化する。技術提供の見返りに削減量を相手国と分け合う「２国間クレジット制度」（ＪＣＭ）を活用し、政府目標の「2050年度までの温室効果ガス排出実質ゼロ」につなげる。

京都府立医科大学は６月15日、お茶に含まれるカテキン類が新型コロナウイルスを不活化することを見出し、伊藤園中央研究所との共同研究の結果、茶カテキン類がウイルスのスパイクたんぱくに結合し、細胞への感染能力を低下させる効果などを確認したと発表した。
試験管内でヒト唾液中にくわえたウイルスに対しても、茶カテキン類による迅速かつ効果的な不活化が認められたことも明らかにした。これにより、お茶を口に含んだとき口腔内で唾液中のウイルスが茶カテキン類によって不活化される効果が期待できるという。

財務省が６月16日発表した５月の貿易統計速報によると、輸出額は前年同月比49.6％増の６兆2,612億円だった。米国や欧州向けの自動車輸出が大幅に伸びた。前年同月が新型コロナウイルスの影響で大きく落ち込んでいた反動もあるが、1980年４月以来の高い伸びを記録した。３カ月連続の増加で、コロナ感染拡大前の2019年５月と比べても７％上回った。
地域別にみると、米国向けは前年同月比87.9％増の１兆1,044億円、欧州連合（ＥＵ）向けは同69.6％増の6,169億円、中国向けは同23.6％増の１兆3,926億円、アジア向けは同32.5％増の３兆6,386億円だった。
輸入は同27.9％増の６兆4,484億円に上った。新型コロナワクチンを大量に輸入したことで、医薬品が大幅に膨らんだほか、原油価格の上昇も影響した。この結果、貿易収支は1,871億円の赤字だった。貿易収支が赤字になるのは４カ月ぶり。

日本政府は６月15日閣議決定した2021年版「交通安全白書」によると、2020年の交通事故死者は2,839人にとどまり、統計がある1948年以降、最少となった。新型コロナ禍で政府より要請された外出自粛が、結果的に交通事故を抑制する一因になったと指摘している。
年間死者数が3,000人を下回ったのは初めて。ピークだった1970年の6,765人から80％以上の減少となった。一方、年間死者数に占める65歳以上の高齢者の割合は56.2％。年々増加しており、統計が残る1966年以降、最大となった。

フランス電力（ＥＤＦ）は６月14日、同社が建設と運転に協力する中国広東省台山市台山原子力発電所から放射性希ガスが漏れたと明らかにした。ＥＤＦは14日の声明で、原子炉格納容器内の「１次冷却系で希ガスの濃度の上昇を確認した」と発表した。フランスのフィガロ紙は14日、台山原発の冷却水内の希ガス濃度が５月末時点で、フランスで原子炉停止となる上限値の２倍に達したと報じた。
希ガスは核分裂の際に発生するキセノンやクリプトンで、原発の燃料棒の一部に問題があるのではないかと専門家はみている。
中国の外務省報道官は「環境や公衆の健康に影響する事態は起きていない」と強調している。加藤官房長官は「強い関心を持って事態を注視したい」とし、「中国側が透明性をもって早期に国際社会に説明することを期待している」と述べた。

小泉進次郎環境相は６月15日、主要７カ国首脳会議（Ｇ７サミット）では温暖化ガスの排出削減対策が取られていない石炭火力発電を巡り、新規の輸出支援を2021年に終了することで合意した。二酸化炭素（ＣＯ２）の排出量を抑えた高効率の案件は例外との見方があるが、小泉氏は高効率のものも支援対象に含まれないとの見解を示した。

立憲民主党など野党４党は６月15日、菅内閣に対する不信任決議案を衆院に共同提出し、同案は衆院本会議で自民党、公明党、日本維新の会などの反対多数で否決された。提出は2019年６月以来、２年ぶり。与党は「重要土地利用規制法案」を成立させ、今国会を会期末の16日で閉会させる方針。