プロ野球・読売巨人軍の選手、監督として活躍し、「ミスタープロ野球」と呼ばれた長嶋茂雄・巨人軍終身名誉監督が６月３日午前６時39分、肺炎のため、都内の病院で死去した。89歳だった。
野球選手の枠を超え、老若男女幅広い層で知名度が高く、ファンを魅了した。2004年３月、脳梗塞を発症。それでも懸命にリハビリに打ち込み、回復に努めた。2013年に巨人軍で指導した松井秀喜さんとともに、国民栄誉賞を受賞。2021年秋、野球界から初となる文化勲章を受章した。

川崎重工（神戸本社：神戸市中央区）、今治造船（本社：愛媛県今治市）、ジャパンマリンユナイテッド（本社：横浜市西区）の３社は６月２日、川崎重工が設計・建造する液化水素運搬船の後続船の建造体制構築に向け、共同検討を開始すると発表した。各社が持つ液化水素運搬船建造に必要な設備、人材などのアセットを相互に有効活用する。
液化水素運搬船は、大量の水素を国内に輸送することを可能にし、液化水素サプライチェーンの構築で重要な役割を果たすことが期待されている。

大相撲の元横綱白鵬・宮城野親方（40）が各界を離れることになった。日本相撲協会は宮城野親方から届け出のあった退職の意向を容認し、６月２日に開かれた臨時理事会で報告された。６月９日付で退職する。
宮城野親方はモンゴル出身。2000年に15歳で来日、2021年９月に引退した。現役時代は史上最多の優勝45回を誇り、通算1187勝、幕内1,093勝も歴代最多。
ただ、現役時代後半は横綱として相撲協会が重視する、”品格”にかける行動や発言が度重なり批判を受けたほか、宮城野親方としても部屋の運営で十分な力士の育成、指導体制が取れていなかったことで、協会の処分を受けていた。

日本自動車販売協会連合会（自販連）と全国軽自動車協会連合会（全軽自協）が６月２日発表した５月の国内新車販売台数（軽自動車含む）は、前年同月比４％増の32万4,064台だった。プラスは５カ月連続。前年はダイハツ工業の認証不正問題で落ち込んでいた。登録車（排気量660cc超）が１％増の20万3,523台、軽自動車が９％増の12万541台だった。その結果、それぞれ５カ月連続のプラスだった。ダイハツは64％増の３万8,018台だった。

厚生労働省によると、全国約3,000カ所の定点医療機関から５月19〜25日の１週間に報告された新型コロナウイルスの感染者数が、１医療機関あたり0.84人だったと発表した。感染症法上の位置づけが５類となり、感染者数の「定点把握」に移行した2023年５月以降で最少を更新した。

日本旅行（本社：東京都中央区）は６月２日、同社創業120年の記念事業として月に思いを届けるプロジェクト「We are going to the Moon!」に、損保ジャパン（本社：東京都新宿区）がパートナーとして参画、両社が宇宙ビジネスの発展を目的とした包括協力の協定書５月29日に締結したと発表した。
手始めに宇宙空間における輸送リスクを整理し、適切なリスク転嫁を両社で検討のうえ、月面輸送に関わる保険の組成を行った。また、月面へ輸送するペイロード（人工衛星等宇宙機への搭載物）の製作および、輸送事業者とのインターフェイス（宇宙機と搭載物の接続部分）調整におけるリスクに対する助言を、SONPOグループのSOMPOリスクマネジメント株式会社が行っている。

競馬の３歳馬のクラシック第２弾、第92回日本ダービー（東京優駿、Ｇ１，2400ｍ芝、18頭出走）は６月１日、東京・府中市の東京競馬場で行われた。１番人気に支持されたクロワデュノール（北村友一騎乗）が２分23秒７で優勝。皐月賞２着の雪辱を果たし、2022年生まれのサラブレッド7,950頭の頂点に立つとともに、１着賞金３億円を獲得した。北村騎手、斉藤崇史調教師はいずれもクラシックレース初制覇。
クロワデュノールは３番手でレースを進め、最後の400ｍ付近で先頭に立ち、中団から脚を伸ばし２着に入った３番人気のマスカレードボールを3/4馬身抑えた。さらに１馬身半差の３着に６番人気のショウヘイが入った。皐月賞馬で２番人気に支持されていたミュージアムマイルは６着に敗れた。

奈良市・奈良公園のシカの保護施設「鹿苑（ろくえん）」で６月１日から、体重およそ３kgから６kgの生まれて間もない60頭余りの子ジカの公開が始まった。鹿苑の一般公開は７月14日まで。毎日午前10時から午後４時まで。
鳴き声をあげながら母ジカにくっついて乳を飲んだり、ぴょんぴょん動く愛らしい子ジカが見られる。訪れた人たちは、子ジカの愛くるしい姿を写真に収めるなどして楽しんでいた。国の天然記念物に指定されている「奈良のシカ」は、」５月頃から出産時期を迎えている。

厚生労働省によると、2024年の労働災害による60歳以上の死傷者が前年比952人増の４万654人（死者299人）に上り、９年連続で過去最多を更新した。高齢者は、筋力の衰えなどにより事故のリスクが高まるとされる。このため、2026年４月から事故の防止対策が企業の努力義務となる。

日中両政府は５月30日、日本産水産物の中国への輸出再開に向けた手続きに合意したと発表した。ただ、日本の輸出業者を中国当局に再登録するなどの作業を行うことで、輸出再開には少なくとも数カ月かかる見通し。
また、全面再開ではなく、福島など10都県を除く北海道など37道府県の水産物が対象となる。